Stichting Fatih Leiden werkt onder de koepelorganisatie Nederlandse Islamitische Federatie te Rotterdam. NIF heeft een klein maar effectief stafbureau, dat de aangesloten organisaties ondersteunt en helpt te professionaliseren. NIF heeft een stichtingsvorm, deze bestaat uit verschillende organisaties die zelfstandig opereren, maar verbonden zijn aan het bestuur van de overkoepelende federatie. De NIF heeft een achterban van ruim vijftienduizend actieve personen.
Afgezien van verschillende bindingen in bijvoorbeeld de Nederlandse adviesorganen is de federatie zowel formeel als inhoudelijk onafhankelijk. Het beleid van NIF en dus ook van Stichting Fatih Leiden is gericht op de integratie, emancipatie, participatie en prestatie van haar leden in de Nederlandse samenleving. Zij doet dat vanuit een op de islam geïnspireerde maatschappelijke verantwoordelijkheid, die op verschillende terreinen tot uitdrukking komt. Bij al haar handelen staat het actieve burgerschap van haar leden in de Nederlandse samenleving centraal.
